Composition Agefos est un organisme géré paritairement.
AGEFOS PME est organisée comme une association avec un conseil d'administration, un bureau, des commissions, une structure technique.
On y retrouve : Une commission nationale de formation (CNF) qui se décline en 23 commissions régionales (CRF)

Fonctionnement et missions de la CNF : elle est composée paritairement de vingt membres désignés par les confédérations signataires de la convention nationale. C'est l'organe permanent d'étude et de réflexion sur les politiques de formation du Fonds. C'est elle qui prépare les décisions politiques de formation et conduit des études et analyses prospectives. Elle a enfin une activité d'observation des pratiques, d'échange et de transfert des expériences au sein du réseau.

Fonctionnement et missions des CRF : elles sont composées d'un représentant dechaque organisation syndicale de salariés et Dde 5 représentants de la CGPME.
Ce sont des organes permanents d'étude et de réflexion sur les problèmes de formation.
Elles fonctionnent sous l'autorité des Conseils d'Administrations régionaux.
 
Le conseil d'administration national : il est composé de 20 membres dont 10 désignés par la CGPME et 10 par les organisations syndicales de salariés. Ses décisions sont exécutoires. Il est seul habilité à intervenir auprès des pouvoirs publics. Il agrée les sections régionales et leur donne mandat pour percevoir et gérer les contributions financières des entreprises.

Les  conseils d'administration régionaux : ils sont composés de 2 représentants de chacun des 5 organisation syndicales de salariéset de 10 représentants de la CGPME. Parmi eux, sont ensuite désignés pour siéger au bureau, 1 représentant de chaque organisation syndicale de salarié et 5 représentants de la CGPME.
Ils prennent les mesures nécessaires pour faire appliquer les décisions du conseil d'administration national pour gérer les fonds collectés sur leur circonscription. Ils assument la responsabilité des AGEFOS PME régionales du point de vue des orientations, des relations extérieures et de la gestion financière.

Renouvellement des mandats AGEFOS
Le prochain renouvellement des instances paritaires de l'AGEFOS-PME Bourgogne est prévue à l'occasion de son Conseil d'Administration du jeudi 23 septembre 2010.
Les candidats doivent remplir une fiche individuelle (à télécharger ci-dessous) et la retourner à l'adresse suivante :

CGPME Bourgogne
14J Rue Pierre de Coubertin
21000 DIJON

Périodicité
Les Conseils d'administration sont au nombre de 6 par an environ et se déroulent à Dijon.
Les Commissions Régionales Formation sont au nombre de 5 par an environ et se déroulent à Autun.

Incompatibilité mandat
Suite à la loi de novembre 2009 sur la formation professionnelle, de nouvelles règles ont été établies qui stipulent que "Aucune personne salariée, dirigeante ou administratrice d'un organisme exerçant à titre principal une activité de formation professionnelle continue ne peut siéger dans une Instance de décision d'un Organisme Paritaire Collecteur Agréé (OPCA). Au cas particulier, cette règle s'applique donc aux membre désignés pour siéger au Conseil d'Administration".